作战指挥所是守望黎明中核心的战略建筑，承担着基地防御体系构建与部队调度的双重功能。该建筑通过预设防守编队和分配防御资源，直接影响基地遭遇攻击时的生存能力。玩家最多可设置四个防守编队，每支编队需配备英雄指挥官与士兵，作战指挥所等级决定了编队数量上限及士兵容纳规模。当敌方进攻时，系统会按照预设顺序依次派出防守编队迎战，任一编队胜利即可判定防守成功，未参战的士兵不会受到伤害。若防守失败，基地耐久值会下降，归零后基地将随机迁移至战区内其他位置。
作战指挥所的防御策略需要兼顾兵种搭配与英雄技能协同。近战兵种如刀锋、猎鹰适合承担 frontline 防御任务，狂暴者则针对高血量敌人进行爆发输出；远程兵种中射手提供稳定火力，火箭兵擅长群体压制，狙击手可穿透敌方防御。特殊兵种如医疗兵能恢复部队状态，工程师可快速修复防御设施。英雄的选择需匹配兵种特性，例如高防御英雄适合带领近战单位，而增益类技能英雄能强化远程部队输出效率。编队中士兵数量上限为400人，超出部分无法参与战斗。
资源分配是作战指挥所高效运转的基础。电力供应不足会导致防御设施停摆，燃油储备直接影响炮塔运转时长。玩家需通过贸易或采集确保水资源、食物维持人口需求，避免因资源短缺导致防御值衰减。建筑专精中的加工队列和建造冗余科技能提升资源转化效率，而联合研究专精可增强病毒研究所提供的抗性加成。土地训练功能可通过消耗耐久值获取荣誉，用于加速关键科技研发。
联盟协同能显著提升作战指挥所的战术价值。加入联盟后，玩家可共享盟友的防御科技与物资储备，遭遇大规模进攻时可请求盟友驻防支援。联盟专属资源点能提供额外加成，非联盟成员在己方领土采集时需缴纳资源税。在末日赛季中，联盟成员可通过协同占领高等级地块获取复合材料，用于升级病毒工厂和作战指挥部。跨区宣战阶段，联盟集体调动防御力量能有效抵御外敌入侵。后期发展需注重作战指挥所的动态调整。随着敌方进攻强度提升，单一兵种编队容易遭到克制，建议采用混合编队模式，例如近战单位吸引火力配合远程单位输出。
